Ягодинската пещера е третата по дължина пещера в България и първа в Родопите. Красотата й е впечатляваща, а разнообразието от пещерни образувания е внушително - 22 вида от общо 28 известни по света. Тя събира на едно място сталактити, сталагмити, сталактони, драперии и синтрови езера. Сред съкровищата на пещерата са т.нар. пещерни перли. Те представляват малки калцитни образувания, които много приличат на бисери.
Ягодинската пещера се състои от 5 етажа – 3 основни и 2 междинни. Дълга е малко над 10 км и в многобройните й зали са намерени доста исторически находки: фрагменти от керамични съдове, тежести за станове и кости. Специалистите ги датират от IV хилядолетие пр. Хр.
От същото време е и най-любопитното откритие в пещерата - древно жилище, в което са се изработвали глинени съдове. Смята се, че съдовете са изпичани в специално направени пещи, а глината, с която грънчарите са майсторили, е била добивана от недрата на Ягодинската пещера. В по-новата история се предполага, че е имало битки между българи и османци, за което свидетелстват откритите скелети на деца и възрастни.
Електрифицираната част на пещерата е малка, но въпреки това посетителите имат доста за разглеждане. Някои от формите, които се виждат в достъпните за туристи зали, са с интересни имена като Снежанка, Дядо Коледа и Богородица.
За влюбените двойки, омаяни от красотата на Ягодинската пещера, има ритуална зала, в която се сключват граждански бракосъчетания. Температурата там целогодишно е 6 градуса, така че младоженците и гостите трябва да са облечени подобаващо.